Pendampingan Sekolah adalah program yang bertujuan untuk mengembangkan kapasitas sekolah melalui proses pendampingan yang dilakukan secara intensif dan integratif. Program ini memiliki target untuk memperbaiki efektivitas manajemen sekolah dan meningkatkan kualitas pembelajaran di kelas. Untuk mendapatkan hasil maksimal, pendampingan sekolah ini dilaksanakan antara 1 - 3 tahun. Diharapkan dari program pendampingan ini sekolah dapat menjadi model dalam meningkatkan prestasi akademik dan non-akademik siswa.

Pendampingan sekolah ini akan berjalan efektif dengan ditunjang oleh pengembangan jaringan komunikasi dan sinergi ke seluruh stakeholders. Program dikembangkan melalui koordinasi dengan berbagai pihak, seperti komite sekolah, masyarakat, pemerintah, dan donatur.

Program pendampingan sekolah yang selama ini telah berjalan selalu dikaitkan dengan suatu tema kekhasan. Setidaknya telah ada 6 tema kekhasan yang pernah dikembangkan, seperti Sekolah Beranda Indonesia, Sekolah Berwawasan Lingkungan, Sekolah Berdaya, Sekolah Cerdas Literasi, Sekolah Literasi Aplikatif, dan Sekolah Unggul.
Pada tahun 2013 ini, telah dikembangkan sebuah indikator kemajuan sebuah sekolah yang disebut dengan MPC4SP (Makmal Pendidikan Criteria for School Performance). Melalui penilaian ini maka kemajuan sebuah sekolah dapat selalu terukur, serta mudah untuk mencari titik-titik prioritas yang perlu diperbaiki.

Penerima Manfaat periode 2004-2012:

Sepanjang tahun 2004 hingga 2013, Makmal Pendidikan Dompet Dhuafa telah mendampingi 56 sekolah, mulai dari SD, MI, SMP, dan SMA. Pendampingan sekolah ini yang tersebar di 24 provinsi, terbentang dari Sumatra hingga Papua. Enam titik diantaranya adalah sekolah yang berada di wilayah perbatasan Indonesia yakni Natuna (Kepri), Bengkayang (Kalbar), Rote (NTT), Ambon (Maluku), Talaud (Sulut), dan Merauke (Papua). Sebagian dari pendampingan sekolah tersebut telah berakhir, pada tahun 2013 ini masiih berjalan proses pendampingan di 24 sekolah.

Prestasi:

• MI Giriloyo (Yogyakarta) berhasil menjadi juara lomba minat dan budaya baca tingkat Kab. Bantul (2009), juara harapan 1 sekolah sehat dan sekolah berwawasan lingkungan tingkat propinsi DI Yogjakarta (2009).
• Program GELICOK (Gerakan Lima Pohon Coklat) di SMA Pertama Mansamat (Banggai, Sulawesi Tengah) sebagai gerakan partisipasi dan kontribusi masyarakat terhadap sekolah. Program ini berlangsung pada tahun 2005-2007
• Program GELIPA (Gerakan Lima Kilogram Gula Kelapa) di SDN Jaringao dan SDN Cigebang (Kab. Sukabumi) sebagai gerakan menabung untuk biaya pendidikan siswa. Program ini berlangsung pada 2008-2010
• SDN 35 Pao – Pao Maros, mendapat sertifikat Sekolah Terbersih se Kabupaten Maros Sulsel (2012) dan menjadi sekolah percontohan di Kabupaten Maros