Nama “Makmal” berasal dari bahasa Arab, “ma’mal” yang bermakna laboratorium. Makmal Pendidikan berarti sebuah laboratorium di bidang pengembangan dan inovasi pendidikan, khususnya pendidikan bagi masyarakat marginal (dhuafa). Program-program yang dikelola Makmal Pendidikan sudah berlangsung sejak 2004. Berikut ini program yang dikelola Makmal Pendidikan sejak 2004.